项目名称：SaAlign：基于后缀阵列的超大数据集和超长序列的多重DNA/RNA序列比对和系统发育树构建工具

团队成员：王子渊、夏琦妮、郭新宇、金书毅、曾佳怡、刘一佳

指导教师：刘志斌、蔡菁

项目简介：

多重序列比对于构建生物间进化关系有重要作用。而目前随着测序技术的发展，单次处理的数据平均长度、数量增加，导致计算所需的时间、空间大幅度上升，现有软件性能已经不足以满足研究需求。因此，本团队开发了一款能够进行大规模长序列比对的工具：SaAlign，该工具利用后缀数组改进传统Needleman-Wunsch算法，并结合Center star策略以适应分布式计算，有效实现了节省实验室计算资源。此项成果也已于2022年3月成功发布在杂志《COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL》（IF 6.155）。

图1 本项目已发表的论文

图2 SaAlign运行流程图